PESQUISA VETERINÁRIA BRASILEIRA

Abstract in English:

ABSTRACT.- Marconi E.C.M., Bernardes N.T.C.G., Beserra L.A.R., Silva F.D.F. & Gregori F. 2015. Development of a Real-time PCR test for porcine group A rotavirus diagnosis. Pesquisa Veterinária Brasileira 35(1):39-43. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Universidade de São Paulo, Av. Professor Dr. Orlando Marques de Paiva 87, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: fabiogregori@gmail.com Group A Rotavirus (RVA) is one of the most common causes of diarrhea in humans and several animal species. A SYBR-Green Real-Time polymerase chain reaction (PCR) was developed to diagnose RVA from porcine fecal samples, targeting amplification of a 137-bp fragment of nonstructural protein 5 (NSP5) gene using mRNA of bovine NADH-desidrogenase-5 as exogenous internal control. Sixty-five samples were tested (25 tested positive for conventional PCR and genetic sequencing). The overall agreement (kappa) was 0.843, indicating ‘very good’ concordance between tests, presenting 100% of relative sensitivity (25+ Real Time PCR/25+ Conventional PCR) and 87.5% of relative sensitivity (35- Real Time PCR/40- Conventional PCR). The results also demonstrated high intra- and inter-assay reproducibility (coefficient of variation ≤1.42%); thus, this method proved to be a fast and sensitive approach for the diagnosis of RVA in pigs.

• Rotavirus rotavírus

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Marconi E.C.M., Bernardes N.T.C.G., Beserra L.A.R., Silva F.D.F. & Gregori F. 2015. Development of a Real-time PCR test for porcine group A rotavirus diagnosis. [Desenvolvimento de um teste de PCR em Tempo Real para o diagnóstico de rotavírus suínos do Grupo A.] Pesquisa Veterinária Brasileira 35(1):39-43. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Universidade de São Paulo, Av. Professor Dr. Orlando Marques de Paiva 87, São Paulo, SP 05508-270, Brazil. E-mail: fabiogregori@gmail.com Rotavírus do grupo A (RVA) é uma das causas mais frequentes de diarreias em humanos e várias espécies animais. Um teste de PCR em Tempo Real com SYBR-Green foi desenvolvido visando o diagnóstico de RVA a partir de fezes suínas, através da amplificação de um fragmento de 137 pares de bases do gene da proteína não estrutural 5 (NSP5) viral e de mRNA de NADH-desidrogenase-5 bovina como controle interno exógeno. Foram testadas 65 amostras (25 delas positivas por PCR convencional e sequenciamento nucleotídico). A concordância entre os testes foi de 0,843, considerada “muito boa”, apresentando 100% de sensibilidade relativa (25+ PCR Tempo Real/25+ PCR convencional) e 87,5% de sensibilidade relativa (35- PCR Tempo Real/40- PCR convencional). Os resultados também demonstraram elevada reprodutibilidade inter e intra-ensaio (coeficiente de variação ≤ 1,42%); portanto, este método demonstrou ser uma rápida e sensível alternativa para o diagnóstico de RVA em suínos.

Abstract in English:

ABSTRACT.- Silva F.D.F., Gregori F., Gonçalves A.C.S., Samara S.I. & Buzinaro M.G. 2012. Molecular characterization of group A bovine rotavirus in southeastern and central-western Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira 32(3):237-242. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Reprodução Animal, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, SP 14884-900, Brazil. E-mail: vete_fer@yahoo.com.br Rotavirus is an important cause of neonatal diarrhea in humans and several animal species, including calves. A study was conducted to examine 792 fecal samples collected from calves among 65 dairy and beef herds distributed in two of Brazil’s major livestock producing regions, aiming to detect the occurrence of rotavirus and perform a molecular characterization of the rotavirus according to G and P genotypes in these regions. A total of 40 (5.05%) samples tested positive for rotavirus by the polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) technique. The molecular characterization was performed by multiplex semi-nested RT-PCR reactions, which indicated that the associations of genotypes circulating in herds in Brazil’s southeastern region were G6P[11], G10P[11], G[-]P[5] + [11], G[-]P[6] in the state of São Paulo and G6P[11], G8P[5], G11P[11], G10P[11] in the state of Minas Gerais. In the central-western region, the genotypes G6P[5] + [11], G6P[5], G8P[-], G6P[11], G [-] P[1], G[-] P[11], and G[-] P[5] were detected in the state of Goiás, while the genotypes G6P[5], G8[P11], G6[P11], G8[P1], G8[P5], G6[P1] were circulating in herds in the state of Mato Grosso do Sul. The genotypic diversity of bovine rotavirus found in each region under study underlines the importance of characterizing the circulating samples in order to devise the most effective prophylactic measures.

• Rotavirus Rotavírus

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Silva F.D.F., Gregori F., Gonçalves A.C.S., Samara S.I. & Buzinaro M.G. 2012. [Molecular characterization of group A bovine rotavirus in southeastern and central-western Brazil.] Caracterização molecular de rotavírus bovino do Grupo A nas regiões Sudeste e Centro-Oeste do Brasil. Pesquisa Veterinária Brasileira 32(3):237-242. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Reprodução Animal, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”, Jaboticabal, SP 14884-900, Brazil. E-mail: vete_fer@yahoo.com.br Rotavírus é uma importante causa de diarreia neonatal em humanos e várias espécies animais, incluindo bezerros. Foi realizado um estudo a partir de 792 amostras fecais colhidas de bezerros, provenientes de 65 rebanhos de leite e corte distribuídos em duas das maiores regiões produtoras no Brasil, com o objetivo de se detectar a ocorrência de rotavírus e realizar a sua caracterização molecular quanto aos genotipos G e P nestas regiões. Um total de 40 (5,05%) de amostras testadas foram positivas para rotavírus pela técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE). A caracterização molecular foi realizada através de reações do tipo Multiplex semi-nested RT-PCR demonstrando que as associações de genotipos circulantes em rebanhos da região Sudeste foram G6P[11], G10[P11], G[-]P[5]+[11], G[-]P[6] no Estado de São Paulo e G6P[11], G8P[5], G11P[11], G10P[11] no Estado de Minas Gerais. Na região Centro-Oeste, foram detectados no Estado de Goiás os genotipos G6P[5]+[11], G6P[5], G8P[-], G6P[11], G[-]P[1], G[-]P[11], G[-]P[5] enquanto os genotipos G6P[5], G8[P11], G6[P11], G8[P1], G8[P5], G6[P1] eram circulantes em rebanhos do Estado do Mato Grosso do Sul. A diversidade genotípica de rotavírus bovino encontrada em cada região estudada justifica a importância da caracterização das amostras circulantes para medidas profiláticas mais efetivas.